Page 45 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT
P. 45
Pada gambar 30 Enzim DNA Ligase menggunakan residu sisi aktif lisin untuk memediasi reaksi. Sebelum itu benar-benar dapat menutup celah. Molekul ATP yang digunakan dalam reaksi pertama kali dilekatkan sebagai adenilat ke residu sisi aktif lisin. Nitrogen amina memediasi serangan nukleofilik pada atom fosfor alfa. Ini menciptakan perantara oksianion yang akan memantul dan menyebabkan pelepasan difosfat. Hidrolisis lebih lanjut dari difosfat melepaskan energi yang akan mendorong reaksi ke depan.
Gambar 31 Aktivasi enzim DNA Ligase.
(Enzim DNA Ligase menggunakan residu sisi aktif lisin untuk memediasi reaksi.)
Jadi inilah heliks DNA untai ganda, dengan pemutusan tulang punggung gula fosfat yang perlu disegel. Dan inilah residu lisin teraktivasi yang telah terikat secara kovalen dengan molekul AMP. Saat DNA ligase memindai DNA, ketika menemukan celah di tulang punggung, sisi aktif disejajarkan sehingga gugus fosfat 5’ bebas dari tulang punggung DNA berada di dekat residu AMP-Lys. Fosfor dari gugus fosfat bebas memediasi serangan nukleofilik pada fosfor residu AMP-Lys. Gugus lisin amina berfungsi sebagai gugus pergi untuk reaksi. Pada titik ini, AMP sekarang telah ditransfer ke gugus fosfat hilir di tulang punggung DNA.
38
