Page 43 - E-MODULE BIOINFORMATIK 2 compressed

. Studi Moleculer Docking

Molecular docking merupakan proses metode yang dilakukan dengan tujuan

memprediksi interaksi antara ligan uji dan reseptor protein target yang memiliki afinitas

(daya ikat) terbaik (Muttaqin 2019). Proses molecular docking terdiri dari dua langkah

mendasar: memprediksi konformasi, posisi, dan orientasi ligan dalam situs pengikatan

protein (pose) dan mengevaluasi kualitas pose menggunakan fungsi penilaian. Fungsi

penilaian bertujuan untuk menentukan peringkat kandidat pose berdasarkan jumlah energi

elektrostatik dan van der Waals, yang memberikan ukuran afinitas pengikatan ligan-

protein. Selain menggunakan hasil parameter uji, pada proses penambatan juga akan

ditampilkan struktur konformasi hasil visualisasi moleculer docking secara 2D, 3D, dan

resido asam amino (Arshad, Sidrad. 2023).

PEMILIHAN & PERSIAPAN PROTEIN

Unduh pdb, file protein. Siapkan target sebagai
protein .pdbqt, protein, gpf, protein, glg

PEMILIHAN & PERSIAPAN LIGAN

Unduh pdb, file ligan. Siapkan target sebagai
ligan.pdbqt, ligan.dlg

PERHITUNGAN DOCKING

PEMILIHAN POSE & IKATAN
TERBAIK

VISUALISASI

Gambar 8. Tahapan Molecular Docking

Modul Elektronik Bioinformatika 37