Page 15 - E-book Molecular Docking

Tahapan
Tahapan

Electronik book (e-book) yang dikembangkan terdapat panduan

molecular docking terhadap senyawa quercetin daun tanaman
kencana ungu pada reseptor protein target SGLT2 (kode PDB: 7VSI)

sebagai kandidat antidibates tipe 2,
Secara umum tahapan molecular docking meliputi :

Preparasi
Preparasi

Meliputi preparasi reseptor yang diunduh dari Protein Data Bank,
kemudian dilakukan sterilisasi melalui software AutoDockTools.

Preparasi ligan yang diperoleh dari database senyawa, meminimasi ligan
menggunakan software PyRx.

Docking
Docking

Masing-masing dari senyawa uji yang telah dioptimasi dan dipreparasi

didocking-kan terhadap reseptor SGLT2(kode PDB: 7VSI) yang telah
dipisahkan dari native ligand-nya dan juga telah dipreparasi

menggunakan software PyRx.

Visualisasi
Visualisasi

Visualisasi hasil docking dilakukan menggunakan software Discovery

Studio untuk melihat visualisasi bentuk interaksi antara senyawa uji
dengan residu asam amino pada reseptor dalam bentuk 3D maupun 2D.

Aagar lebih representatif.

Molecular Docking 14
Molecular Docking