Page 43 - E-book Molecular Docking

B
3 A

B

Docking 3
Docking

Proses docking dilakukan untuk membuktikan bahwa posisi

pengikatan senyawa Quercetin-protein target (SGLT2, kode PDB: 7VSI)
dengan senyawa kontrol yang sudah terbukti berdampak sebagai anti

dibetes menggunakan software PyRx. Menurut Pangastuti (2016),
tujuan dari docking adalah untuk :
1. Membandingkan skor binding afinity antara Quercetin-protein

target (SGLT2, kode PDB: 7VSI) dengan senyawa kontrol .
2. Mengetahui posisi pengikatan protein target oleh senyawa

Quercetin pada kompleks docking antara Quercetin-protein target,
selanjutnya dibandingkan dengan binding site senyawa kontrol.

Binding site merupakan daerah pada makromolekul yang dapat
berikatan dengan molekul lain.

Simulasi docking juga bertujuan untuk mengetahui senyawa
bersangkutan berinteraksi dengan residu asam amino apa saja dan jenis
interaksinya.

A. Proses Docking Senyawa
A. Proses Docking Senyawa

1. Membuka software PyRx

Molecular Docking 42
Molecular Docking