Page 203 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

protein mungkin memiliki peran positif atau meningkatkan, mengaktifkan atau meningkatkan ekspresi gen target.
Gambar 125 Regulasi Gen
1) Mengidentifikasi sisi pengikatan protein pada molekul DNA
Urutan kontrol wilayah DNA yang dapat mengikat protein pengatur. Oleh karena itu mungkin untuk mengidentifikasi urutan kontrol hulu gen dengan mencari wilayah yang relevan untuk sisi pengikatan protein. Ada tiga cara berbeda untuk melakukan ini.
a) Retardasi gel kompleks DNA-protein
Protein adalah struktur yang cukup substansial dan protein yang melekat pada molekul DNA menghasilkan peningkatan besar dalam massa molekul keseluruhan. Jika peningkatan ini dapat dideteksi, sebuah fragmen DNA yang mengandung sisi pengikatan protein akan dapat diidentifikasi. Dalam praktiknya, sebuah fragmen DNA yang membawa protein terikat diidentifikasi dengan elektroforesis gel, karena memiliki mobilitas yang lebih rendah daripada molekul DNA yang tidak terkompleks. Prosedurnya adalah disebut sebagai retardasi gel. Dalam percobaan retardasi gel (Gambar 126), daerah hulu DNA dari gen yang dikenali oleh enzim restriksi endonuklease dan kemudian dicampur dengan protein pengatur atau, jika protein belum dimurnikan, dengan protein tak terfraksionasi.
196