หรือการศึกษาตามกลุ่มต่างๆ เช่น จุลชีววิทยาทางอาหาร (Food Microbiology) จุลชีววิทยาทางอุตสาหกรรม (Industrial Microbiology) จุลชีววิทยาทางการแพทย์ (Medical Microbiology) และจุลชีววิทยาสิ่งแวดล้อม (Environmental Microbiology) เป็นต้น