Page 26 - BUKU DIGITAL WADDAH

replikasi, DNA polymerase (enzim yang mengkopi DNA selanjutnya menambahkan
nukleotida baru ke ujung 3 dari template), nukeotida normal dan dideoxynucleotide
yang dilabel (radioaktif atau dengan pewarna fluorescent Tahapan metode sekuensing
Sanger yang pertama adalah menyediakan dsDNA (double strand DNA), dsDNA
(double strand DNA) dipotong menjadi ssDNA (single strand DNA), ssDNA hasil
potongan dari dsDNA sebelumya dijadikan sebagai template (cetakan) DNA.

3. Next Generation Sequencing (NGS)
Generation sequencing (NGS) Adalah Generasi kedua dari teknologi
sekuensing. Istilah NGS secara kolektif digunakan untuk mendeskripsikan semua
teknologi sekuensing selain teknologi sekuensing Sanger. Teknologi NGS membaca
templat DNA secara acak (random) sepanjang seluruh genom dengan membuat
potongan-potongan pendek DNA genom, kemudian menyambungkannya
dengan adapter (potongan DNA pendek yang didesain khusus untuk tujuan ini) agar
dapat dibaca oleh mesin NGS secara random selama proses sintesis DNA. Dengan
demikian, teknologi NGS sering disebut dengan sekuensing paralel secara
masif. Panjang bacaan sekuen DNA yang dihasilkan mesin NGS jauh lebih pendek
dibandingkan bila menggunakan mesin sekuensing dengan metode Sanger.

3.4 Genomik dan Protemik
Genomik dan proteomik adalah dua cabang biologi molekuler yang penting.
Genom adalah bahan genetik suatu organisme. Ini berisi gen yang ditulis dengan
informasi genetik organisme (kode genetik). Studi yang dilakukan untuk mencari
informasi tentang genom tersebut dikenal dengan genomik. Urutan nukleotida gen
menentukan urutan asam amino protein melalui kode genetik. Gen ditranskripsi
menjadi mRNA dan mRNA diterjemahkan untuk menghasilkan protein yang
diperlukan. Proteom mewakili total protein yang diekspresikan dari suatu organisme.
Studi yang dilakukan untuk menemukan karakteristik, struktur, fungsi dan ekspresi
dari seluruh protein yang diatur dalam sel dikenal sebagai proteomik. Jadi, perbedaan
utama antara genomik dan proteomik adalah itu genomik adalah cabang biologi
molekuler yang mempelajari gen suatu organisme sementara proteomik adalah
cabang biologi molekuler yang mempelajari protein total dalam sel. Studi genom
penting untuk memahami struktur, fungsi, lokasi, regulasi gen suatu organisme. Studi
proteomik lebih bermanfaat karena protein adalah molekul fungsional nyata dalam
sel dan mewakili kondisi fisiologis aktual.

1. Genomik
Genomik adalah bidang biologi yang berkaitan dengan penemuan dan
pencatatan seluruh genom suatu organisme. Genom dianggap sebagai kumpulan total
gen yang ada dalam sel suatu organisme. Oleh karena itu, genomik adalah studi dan
penyelidikan susunan genetik makhluk hidup. Penentuan urutan
genomik DNA hanyalah awal dari genomik. Kemudian, urutan gen ini digunakan
untuk menguji fungsi berbagai gen yang ada dalam DNA (bagian dari genomik

25