Page 11 - 3rd Orbital Journal

‫ﻧﮕﺎﻫﯽﺑﺮﮐﺎرﺑﺮد اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢﻫﺎيﮐﺎﻣﭙﯿﻮﺗﺮيوﻫﻮشﻣﺼﻨﻮﻋﯽدرﺷﯿﻤﯽ‬

‫‪ .2‬ﮔﻮﺳﯿﻦ‪:2‬‬ ‫اﺑﺰارﻫـﺎي ﻣﻮﺟـﻮد ﺑـﺮاي اﺳـﺘﻔﺎده‬
‫اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار ﻣﺤﺎﺳـﺒﺎﺗﯽ ﺑـﺮ اﺳـﺎس ﻗﻮاﻧﯿـﻦ‬ ‫از اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢﻫـﺎي ﮐﺎﻣﭙﯿﻮﺗـﺮي در‬
‫ﺑﻨﯿﺎدﯾـﻦ ﻣﮑﺎﻧﯿـﮏ ﮐﻮاﻧﺘـﻮم اﯾـﻦ اﻣـﮑﺎن را ﺑـﺮاي‬
‫ﻣﺤﻘﻘـﺎن ﻓﺮاﻫـﻢ ﻣﯽﮐﻨﺪ ﺗﺎ اﻧﺮژيﻫﺎ‪ ،‬ﺳـﺎﺧﺘﺎرﻫﺎي‬ ‫ﺷﯿـﻤﯽ‬
‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و ﻓﺮﮐﺎﻧﺲﻫـﺎي ارﺗﻌـﺎﺷﯽ ﺳﯿﺴـﺘﻢﻫﺎي‬
‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ ﭘﯿﭽﯿـﺪه را ﭘﯿﺶﺑﯿـﻨﯽ ﮐﻨﻨـﺪ‪ .‬اﯾﻨﮕﻮﻧـﻪ‬ ‫در زﻣﯿﻨـﻪ ﺷﯿـﻤﯽ ﻣﺤﺎﺳـﺒﺎﺗﯽ و ﻣﺪلﺳـﺎزيﻫﺎي‬
‫ﻣﯽﺗـﻮان ﺧـﻮاص ﺷﯿﻤﯿـﺎﯾﯽ و ﻓﯿﺰﯾﮑﯽ آﻧﻬـﺎ را ﻧﯿﺰ‬ ‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬اﺑﺰارﻫـﺎي ﺑﺴﯿـﺎري وﺟـﻮد دارﻧـﺪ ﮐـﻪ‬
‫از اﻟﮕﻮرﯾﺘﻢﻫـﺎي ﮐﺎﻣﭙﯿﻮﺗـﺮي اﺳـﺘﻔﺎده ﻣﯽﮐﻨﻨـﺪ‪.‬‬
‫ﭘﯿﺶﺑﯿـﻨﯽ ﮐـﺮد‪.‬‬ ‫ﺑـﺮﺧﯽ از اﯾـﻦ اﺑﺰارﻫـﺎ و ﺷـﺮح ﻣﺨﺘﺼﺮي ﺑـﺮ آﻧﻬﺎ‬

‫آورده ﺷـﺪه اﺳـﺖ‪:‬‬

‫ﺷﮑﻞ ‪ :4‬ﻟﻮﮔﻮي ﻧﺮماﻓﺰار ﮔﻮﺳﯿﻦ‬ ‫‪ .1‬اﺗﻮداك‪:1‬‬
‫ﮐﺎرﺑـﺮد اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار‪ ،‬ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي ﻣﺪلﻫـﺎي‬
‫‪ .3‬ﺷﺮودﯾﻨﮕﺮ‪:3‬‬ ‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ ﺑﻪوﯾـﮋه ﺗﻌﺎﻣـﻞ ﺑﯿـﻦ ﭘﺮوﺗﺌﯿﻦﻫـﺎ و‬
‫اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار ﺑـﺮاي ﻣﺪلﺳـﺎزي دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ‬ ‫ﻟﯿﮕﺎﻧﺪﻫـﺎ ﻣﯽﺑﺎﺷـﺪ‪ .‬اﯾﻦ ﻧﺮماﻓﺰار اﻣـﮑﺎن ﭘﯿﺶﺑﯿﻨﯽ‬
‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و ﻣﺤﺎﺳـﺒﺎت ﻣﮑﺎﻧﯿـﮏ ﮐﻮاﻧﺘـﻮﻣﯽ‬ ‫اﻧﺮژيﻫـﺎي اﺗﺼـﺎل و ﺗﻌـﺎﻣﻼت ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و ﻧﯿـﺰ‬
‫اﺳـﺘﻔﺎده ﻣﯽﺷـﻮد‪ .‬اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار‪ ،‬اﻣـﮑﺎن‬ ‫ﺟﺴـﺖوﺟﻮ ﺑﯿـﻦ ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎي ﻓﺮاوان ﺑـﺮاي ﭘﯿﺪا‬
‫ﻏﺮﺑﺎلﮔـﺮي و ﺑﻬﯿﻨﻪﺳـﺎزي ﺗﺮﮐﯿﺒـﺎت را ﻧﯿﺰ ﻓﺮاﻫﻢ‬ ‫ﮐـﺮدن ﺑﻬﺘﺮﯾـﻦ ﺣﺎﻟـﺖ اﺗﺼـﺎل را ﻓﺮاﻫـﻢ ﻣﯽﮐﻨﺪ‪.‬‬
‫ﻣﯽﮐﻨـﺪ‪ .‬در اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار ﻣﯽﺗـﻮان ﺑﺎ اﺳـﺘﻔﺎده از‬ ‫از اﯾـﻦ ﻧﺮماﻓـﺰار ﺑـﺮاي ﻃـﺮاﺣﯽ داروﻫـﺎﯾﯽ ﺿـﺪ‬
‫ﯾﺎدﮔﯿـﺮي ﻣﺎﺷﯿـﻦ ﻓﻌﺎﻟﯿـﺖ ﺑﯿﻮﻟـﻮژي ﺗﺮﮐﯿﺒـﺎت را‬ ‫وﯾﺮوس ‪ HIV‬و ﮐﻮوﯾﺪ‪ 19-‬اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه اﺳﺖ‪.‬‬

‫ﭘﯿﺶﺑﯿـﻨﯽ ﮐـﺮد‪.‬‬

‫ﺷﮑﻞ ‪ :5‬ﻟﻮﮔﻮي ﻧﺮماﻓﺰار ﺷﺮودﯾﻨﮕﺮ‬

‫‪Schrödinger .3‬‬ ‫ﺷﮑﻞ ‪ :3‬ﻟﻮﮔﻮي ﻧﺮماﻓﺰار اﺗﻮداك‬

‫‪AutoDock .1‬‬
‫‪Gaussian .2‬‬

‫‪11‬‬