Page 138 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

enam urutan basa CCCGGG tetapi memberikan fragmen yang berbeda dengan pemotongan CCC|GGG sebelumnya dan pemotongan terakhir C|CCGGG. Demikian pula, pasangan isoschizomeric Hha I dan Hin PI keduanya mengenali urutan GCGC tetapi yang pertama memotong GCG|C dan yang terakhir G|CGC. Perbedaan lebih lanjut ditemukan dalam kaitannya dengan kepekaan terhadap metilasi. Baik Mbo I dan Sau 3A memotong GA|TC tetapi ketika urutannya dimetilasi sebagai GA*TC, Mbo I gagal memotong sedangkan Sau 3A tidak terpengaruh. Sebaliknya, dalam kasus GATC*, situasinya terbalik. Fenomena ini dimanfaatkan dengan baik dalam kasus pasangan enzim restriksi Hpa II dan Msp I. Kedua enzim mengenali urutan CCGG tetapi ketika termetilasi sebagai CC*GG, Mbo I memotong urutan dan Hpa II tidak.
Enzim restriksi adalah protein (nuklease) yang mengenali urutan nukleotida DNA yang spesifik dan pendek (dikenal sebagai sisi restriksi atau urutan target atau urutan pengenalan) dan kemudian memotong DNA hanya di sisi tertentu. Enzim restriksi ditemukan pada bakteri (dan prokariota lainnya). Setiap enzim restriksi hanya mengenali satu atau beberapa sisi restriksi. Setelah mengenali urutan targetnya, enzim restriksi membuat potongan beruntai ganda pada molekul DNA. Biasanya, pemotongan berada di atau dekat sisi restriksi dan terjadi dalam pola yang teratur dan dapat diprediksi. Lebih dari 400 enzim restriksi telah diisolasi dari bakteri yang memproduksinya. Pada bakteri hidup, enzim restriksi berfungsi untuk mempertahankan sel dari serangan bakteriofag virus. Enzim restriksi bakteri membelah sisi restriksi dalam genom virus, memecah dan menghancurkan DNA bakteriofag yang menyerang sebelum dapat bergabung ke dalam genom inang (genom bakteri) dan mengambil alih sel. Menariknya, bakteri kebal (resisten) terhadap enzim restriksinya sendiri, bahkan jika ia memiliki urutan target, yang dapat dihancurkan oleh enzim restriksinya sendiri. Ini karena sisi restriksi bakteri sangat termetilasi, membuatnya tidak dapat dikenali oleh enzim restriksi. Enzim metilase menambahkan gugus metil (-CH3) ke basa adenin atau sitosin dalam urutan pengenalan DNA, yang kemudian dimodifikasi dan dilindungi dari endonuklease bakteri itu sendiri. Enzim restriksi dan metilase yang sesuai merupakan sistem modifikasi restriksi spesies bakteri.
131