Page 207 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

c) Modifikasi tes interferensi
Analisis retardasi gel dan footprinting memungkinkan urutan kontrol untuk ditempatkan, tetapi tidak memberikan informasi tentang interaksi antara protein pengikat dan molekul DNA. Yang lebih tepat dari kedua teknik ini jejak kaki hanya mengungkapkan wilayah DNA yang dilindungi oleh protein yang terikat. Protein relatif besar dibandingkan dengan heliks ganda DNA, dan dapat melindungi beberapa puluh pasangan basa ketika terikat pada urutan kontrol yang panjangnya hanya beberapa pasangan basa (Gambar 129). Oleh karena itu, jejak kaki tidak menggambarkan wilayah kontrol itu sendiri, hanya wilayah di mana ia berada.
Gambar 129 Protein terikat dapat melindungi wilayah DNA yang lebih panjang dari urutan kontrol.
Nukleotida yang benar-benar membentuk perlekatan dengan protein terikat dapat diidentifikasi dengan uji interferensi modifikasi. Seperti dalam footprinting, fragmen DNA pertama-tama harus diberi label di salah satu ujungnya. Kemudian mereka diperlakukan dengan bahan kimia yang memodifikasi nukleotida tertentu, contohnya adalah dimetil sulfat, yang mengikat gugus metil ke nukleotida guanin. Modifikasi ini dilakukan di bawah kondisi terbatas sehingga rata-rata hanya satu nukleotida per fragmen DNA yang dimodifikasi. Sekarang DNA dicampur dengan ekstrak protein. Kunci untuk pengujian ini adalah bahwa protein pengikat mungkin tidak akan menempel pada DNA jika salah satu guanin dalam daerah kontrol
200