Page 21 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

Semua ikatan fosfodiester dalam DNA dan RNA memiliki orientasi yang sama di sepanjang rantai, memberikan setiap untai asam nukleat linier polaritas spesifik dan ujung 5’ dan 3’ yang berbeda. Orientasi 5’ ke 3’ untai asam nukleat mengacu pada ujung untai, bukan orientasi ikatan fosfodiester yang menghubungkan nukleotida penyusunnya.
Gambar 10 ikatan fosfo diester
Ada alasan biologis untuk konvensi selalu menulis urutan DNA dalam arah 5' ke 3'. Sebagian karena struktur bahan awal (nukleotida 5' trifosfat), enzim di dalam sel yang menyalin DNA (misalnya DNA dan RNA polimerase) selalu mensintesis dalam arah 5' ke 3'. Untaian dalam DNA bersifat antiparalel; yaitu, mereka pergi ke arah yang berlawanan. Basa purin dan pirimidin bersifat hidrofobik dan relatif tidak larut dalam air pada pH sel yang mendekati netral. Pada pH asam atau basa basa menjadi bermuatan dan kelarutannya dalam air meningkat. Interaksi susun hidrofobik di mana dua atau lebih basa diposisikan dengan bidang cincinnya sejajar (seperti tumpukan
14