Page 10 - e-book molecular docking
P. 10
Program docking ini terdiri dari dua bagian yaitu algoritma pencarian
dan fungsi scoring (Misra et al., 2017).
Algoritma genetika dapat Teori dasar dari Algoritma
mengetahui ruang konformasi Genetika dikembangkan oleh
dengan cara mutasi ligan untuk John Holland awal tahun 1975 di
menemukan konformasi ligan pada Universitas Michigan, Amerika
energi terendah ketika berikatan Serikat. prinsip algoritma
dengan suatu protein. Algoritma genetik diambil dari teori
genetik memiliki banyak macam Darwin yaitu setiap makhluk
seperti simulated annealing (SA), hidup akan menurunkan satu
genetic algorithm (GA), dan atau beberapa karakter ke anak
lamarckian genetic algorithm (LGA) atau keturunannya.
(Jones et al., 1997)
fungsi scoring adalah untuk memperkirakan energi bebas yang
terdapat pada ikatan ligan dengan residu-residu asam amino atau asam
amino protein reseptor. Scoring sangat penting dalam docking, karena
digunakan untuk menghitung energi ikatan antara interaksi gugus fungsi
ligan dengan residu asam amino protein reseptor, dengan melakukan
scoring dapat diketahui metode binding untuk memperoleh hasil
secepatnya lokasi ligan dengan protein target, selain itu scoring dapat
memprediksi afinitas energi ikatan antara protein dengan ligan,
mengidentifikasi potensi suatu ligan pada protein target, serta dapat
meningkatkan efisiensi optimisasi saat proses penambatan yang dilakukan
(Ramadhan, 2021).
Terdapat 3 macam scoring, yaitu force-field based, empirical dan
knowing-basedIkatan. force field-based dilakukan dengan menilai energi
ikatan yang terjadi dengan cara menghitung jumlah ikatann Van der Waals
dan elektrostatik.
Molecular Docking 09
Molecular Docking
