Page 25 - 3rd Orbital Journal

‫آزﻣﺎﯾـــــــﺸﮕﺎه ﻣــــــﺪرن درون ﮐﺎﻣﭙﯿﻮﺗـــــﺮ ﺷـــــﻤﺎ‬

‫‪ 85/53 × 85/53 × 250/0‬آﻧﮕﺴـﺘﺮوم ﻗـﺮار‬ ‫اﺳـﺘﻔﺎده از روش ﻗـﺮص ﭘﺘﺎﺳﯿـﻢ ﺑﺮﻣﯿـﺪ اﻧﺠـﺎم‬
‫ﮔﺮﻓـﺖ‪ .‬ﭘـﺲ از آﻣﺎدهﺳـﺎزي ﻣـﺪل‪ ،‬ﺳـﻄﺢ‬ ‫ﺷـﺪﻧﺪ )‪ 2‬ﻣﯿﻠﯽﮔـﺮم ﻧﻤﻮﻧـﻪ و ‪ 198‬ﻣﯿﻠﯽﮔـﺮم‬
‫ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎ و ﻣﻄﺎﻟﻌـﻪ ﺳـﺎﺧﺘﺎر ﮐﻮﺋﺮﺳـﺘﯿﻦ‪ ،‬ﻓﺮآﯾﻨـﺪ‬ ‫ﭘﺘﺎﺳﯿـﻢ ﺑﺮﻣﯿـﺪ(‪ .‬ﻣﺤـﺪوده ﻃﯿـﻔﯽ ‪ 400‬ﺗـﺎ ‪4000‬‬
‫ﺟـﺬب ﻣﻮﻟﮑـﻮل ﮐﻮﺋﺮﺳـﺘﯿﻦ روي ﺳـﻄﺢ ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎ‬ ‫‪ cm-1‬و ﺗﻌـﺪاد اﺳـﮑﻦﻫﺎ ‪ 60‬ﻋـﺪد و دﻗـﺖ آن ‪2‬‬
‫)ﺧﺸـﮏ و ﻣﺮﻃـﻮب( ﺑـﺎ اﺳـﺘﻔﺎده از ﭘﺮوﺗﮑﻞﻫﺎي‬ ‫‪ cm-1‬ﺑـﻮد‪ .‬اﯾـﻦ روش ﺑـﻪ ﻣﻨﻈـﻮر ﺗﻌﯿﯿـﻦ ﺳـﺎﺧﺘﺎر‬
‫ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي ﻣﺸـﺎﺑﻪ ﮐﺎرﻫـﺎي ﭘﯿﺸﯿﻦ ﻣـﻮرد ﺑﺮرﺳﯽ‬ ‫و ﮔﺮوهﻫـﺎي ﻋﺎﻣـﻠﯽ ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎ اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه‬
‫اﺳـﺖ‪ .‬ﻃﯿﻒﺳـﻨﺠﯽ ﻣـﺎدون ﻗﺮﻣـﺰ ﺗﺒﺪﯾـﻞ ﻓﻮرﯾﻪ‪،‬‬
‫ﻗـﺮار ﮔﺮﻓـﺖ‪.‬‬ ‫ﮐﻤـﮏ ﻣﯽﮐﻨﺪ ﺗـﺎ ﺑﺮﻫﻢﮐﻨﺶﻫـﺎي ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫﺎي‬
‫ﺑﺮاي اﻧﺠﺎم ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي‪ ،‬از ﺷـﺮاﯾﻂ ﻣـﺮزي ﺗﻨﺎوﺑﯽ‬ ‫دارو ﺑـﺎ ﺳـﻄﺢ ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎت از ﻃﺮﯾـﻖ ﺗﺸـﺨﯿﺺ‬
‫در ﻣﺠﻤﻮﻋـﻪ ‪) NVT‬دﻣـﺎي ﺛﺎﺑـﺖ( اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪ‪،‬‬ ‫ﭘﯿﻮﻧﺪﻫـﺎي ﻫﯿـﺪروژﻧﯽ و دﯾﮕـﺮ ﭘﯿﻮﻧﺪﻫـﺎي‬
‫و دﻣـﺎ ﺑﺮاﺑـﺮ ‪ 300‬ﮐﻠﻮﯾـﻦ و ﺗﻮﺳـﻂ ﺗﺮﻣﻮﺳـﺘﺎت‬
‫ﺑﺮﻧﺪﺳـﻦ‪ 1‬ﮐﻨﺘﺮل ﺷـﺪ‪ .‬ﭘـﺲ از ﺑﻬﯿﻨﻪﺳـﺎزي اﻧﺮژي‬ ‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ ﺷﻨﺎﺳـﺎﯾﯽ ﺷـﻮد‪.‬‬
‫اوﻟﯿـﻪ و اﺟـﺮاي ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزيﻫﺎي دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ‬
‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬و ﺑﻬﯿﻨﻪﺳـﺎزي ﻧﻬـﺎﯾﯽ‪ ،‬ﺟـﺬب‬ ‫روشﻫـﺎي ﻣﮑﺎﻧﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ‬
‫ﮐﻮﺋﺮﺳـﺘﯿﻦ روي ﺳـﻄﺢ ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎ در ﻏﻠﻈﺖﻫـﺎي‬ ‫ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪:‬‬

‫ﮐـﻢ و زﯾـﺎد ﻣـﻮرد ﺑـﺮرﺳﯽ ﻗـﺮار ﮔﺮﻓـﺖ‪.‬‬ ‫اﯾـﻦ ﻣﻄﺎﻟﻌـﻪ ﺗﺌـﻮري ﺑـﺮ اﺳـﺎس روشﻫـﺎي‬
‫ﻣﮑﺎﻧﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‬
‫روش ﻣﮑﺎﻧﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬اﻣـﮑﺎن ﺑـﺮرﺳﯽ‬ ‫اﻧﺠـﺎم ﺷـﺪ ﮐـﻪ ﻣﻮﻟﮑـﻮل ﮐﻮﺋﺮﺳـﺘﯿﻦ و ﺳـﻄﺢ‬
‫ﻣﯿـﺰان ﭼﺴـﺒﻨﺪﮔﯽ داروﻫـﺎ ﺑـﻪ ﺳـﻄﺢ و ﭘﺘﺎﻧﺴﯿـﻞ‬ ‫ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎ را در ﺳـﻄﺢ ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ ﺗﻮﺻﯿـﻒ ﻣﯽﮐﻨﺪ‪.‬‬
‫آزادﺳـﺎزي ﮐﻨﺘﺮلﺷـﺪه آﻧﻬـﺎ را ﻓﺮاﻫـﻢ ﻣﯽﮐﻨﺪ و‬ ‫ﻫﻤـﻪ ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزيﻫﺎ ﺑـﺎ اﺳـﺘﻔﺎده از ﻧﺮماﻓـﺰار‬
‫روش دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬ﺣﺮﮐـﺖ ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎ‬ ‫»‪) «Materials Studio‬ﻧﺴـﺨﻪ ‪ ،7.0‬ﺷـﺮﮐﺖ‬
‫ﺑـﺮ روي ﺳـﻄﺢ ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎت و ﺗﻐﯿﯿـﺮات آﻧﻬـﺎ در‬ ‫‪ (Accelrys Inc ،BIOVIA‬و ﻣﯿـﺪان ﻧﯿـﺮوي‬
‫ﻃـﻮل زﻣـﺎن ﻣﺪلﺳـﺎزي ﻣﯽﺷـﻮد‪ .‬اﯾـﻦ روش‬ ‫‪ CVFF‬اﻧﺠﺎم ﺷـﺪ‪ .‬ﺳﺎﺧﺘﺎر ﮐﻮﺋﺮﺳـﺘﯿﻦ اﺑﺘﺪا ﺑﻬﯿﻨﻪ‬
‫ﻧﺸـﺎن ﻣﯽدﻫـﺪ ﮐـﻪ ﭼﮕﻮﻧـﻪ داروﻫـﺎ ﻣﯽﺗﻮاﻧﻨـﺪ‬ ‫ﺷـﺪ و ﺳـﭙﺲ ﺳـﻄﺢ ﺳﯿﻠﯿـﮑﺎ ﺑﻪ ﺷـﮑﻞ آﻣـﻮرف ﺑﺎ‬
‫ﭘﯿﻮﻧﺪﻫـﺎي ﻫﯿـﺪروژﻧﯽ ﺑـﺎ ﺳـﻄﺢ ﺗﺸـﮑﯿﻞ دﻫﻨﺪ و‬ ‫ﺿﺨﺎﻣـﺖ ﺗﻘﺮﯾـﺒﯽ ‪ 15‬آﻧﮕﺴـﺘﺮوم ﻣﺪلﺳـﺎزي‬
‫ﺷـﺪ و در ﯾـﮏ ﺟﻌﺒـﻪ ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي ﺑـﺎ اﺑﻌـﺎد‬
‫در ﻣﺤﯿﻂﻫـﺎي آﺑﯽ ﺑـﻪ ﺗﺪرﯾـﺞ آزاد ﺷـﻮﻧﺪ‪.‬‬

‫‪Berendsen .1‬‬

‫‪25‬‬