Page 20 - 3rd Orbital Journal

‫ﺳـــﻮﻣﯿﻦ ﺷـــﻤﺎره ﻧﺸـــﺮﯾﻪ اورﺑﯿﺘـــﺎل ‪ -‬اﺳـــﻔﻨﺪ ‪1403‬‬

‫و ﺑـﺮاي ﭘﺎراﻣﺘـﺮ ﺣـﺮﮐﺎت ﻣﺆﺛـﺮ ﺑﯿـﻦ ﺣﻼل و‬ ‫در ﺑﺨـﺸﯽ از اﯾـﻦ ﻣﻘﺎﻟـﻪ از دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‬
‫ﮐﺮﺑـﻦ دياﮐﺴﯿـﺪ‪ ،‬از ﻗﻮاﻧﯿـﻦ اﺧـﺘﻼط ﻟﻮرﻧﺘـﺰ ‪-‬‬ ‫اﺳﺘﻔﺎده ﺷﺪه اﺳﺖ‪ .‬ﺑﯿﺎﯾﯿﺪ ﺣﺎل ﺑﺎ دﯾﺪﮔﺎه ﺟﺪﯾﺪ و‬
‫ﺑﺮﺗﻠـﻮت‪ 3‬اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه و در اداﻣـﻪ درﺑﺎره ﺷـﻌﺎع‬ ‫ﻣـﻮاردي ﮐﻪ از اﯾﻦ ﭼﻨﺪ ﺻﻔﺤﻪ ﻓﺮا ﮔﺮﻓﺘﯿﻢ‪ ،‬ﻣﻘﺎﻟﻪ‬
‫ﻫﻤﺴـﺎﯾﮕ ِﯽ ﺗﺄﺛﯿـﺮات واندرواﻟـﺴ ِﯽ ﮐﻮﺗـﺎه ﺑـﺮد‬ ‫را ﺑـﺮرﺳﯽ ﮐﻨﯿـﻢ‪ .‬در اﯾـﻦ ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي از ﻧﺮماﻓﺰار‬
‫ﮔﻔﺘـﻪ ﺷـﺪه‪ ،‬ﮐـﻪ ‪ 12/5‬آﻧﮕﺴـﺘﺮوم ﺑـﻮده اﺳـﺖ‪.‬‬ ‫ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎز دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ »‪«1LAMMPS‬‬
‫ﻫﻤﺎﻧﮕﻮﻧـﻪ ﮐـﻪ اﯾـﻦ ﻣﻘﺎﻟـﻪ را ﺑـﺮرﺳﯽ ﮐﺮدﯾـﻢ‪ ،‬ﺑـﺎ‬ ‫اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه و ﺷـﺮاﯾﻂ دﻣﺎ و ﻓﺸـﺎر ﺛﺎﺑﺖ ﺑﺮﻗﺮار‬
‫اﻃﻼﻋـﺎت ﺑﯿﺎن ﺷـﺪه در اﯾﻦ ﭼﻨـﺪ ﺻﻔﺤﻪ ﻣﯽﺗﻮان‬ ‫اﺳـﺖ‪ .‬دادهﻫـﺎ در ‪ 1000‬ﭘﯿﮑﻮﺛﺎﻧﯿـﻪ ﺑـﺎ ﻓﻮاﺻـﻞ‬
‫ﺑـﺎ دﻗـﺖ ﻧﺴـﺒﺘﺎً ﺧـﻮﺑﯽ ﻣﻘـﺎﻻت ﺑـﺎ ﮔﺰارشﻫـﺎﯾﯽ‬ ‫زﻣـﺎﻧﯽ ‪ 1‬ﻓﻤﺘﻮﺛﺎﻧﯿـﻪاي ﺟﻤـﻊآوري ﺷـﺪه اﺳـﺖ‬
‫در ﺣـﻮزه دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ را ﺗﺤﻠﯿـﻞ ﮐـﺮد‪.‬‬ ‫)ﯾﻌـﻨﯽ ﺣـﺪود ‪ 1‬ﻣﯿﻠﯿـﻮن داده(‪ .‬اﯾـﻦ ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي‬
‫ﺑـﺎ دو ﺣﻼل اﺗﯿﻠـﻦ ﮔﻠﯿﮑـﻮل و ﺣﻼل اوﺗﮑﺘﯿـﮏ‬
‫ﺣﺎل ﺑـﻪ ﮐﺎرﺑﺮد دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ‬ ‫ﻋﻤﯿـﻖ‪ 2‬آبﮔﺮﯾﺰ ﮔﺰارش ﺷـﺪه ﮐـﻪ ﻃﺒﻖ ﺟﺪول‪،‬‬
‫در داروﺳـﺎزي ﻣﯽﭘﺮدازﯾﻢ‪:‬‬ ‫ﻫﻢﭘﻮﺷـﺎﻧﯽ ﺧـﻮﺑﯽ ﺑـﺎ دادهﻫـﺎي ﺗﺠـﺮﺑﯽ داﺷـﺘﻪ‪،‬‬
‫ﻫﻤﭽﻨﯿـﻦ ﺑـﺮاي اﻓﺰاﯾـﺶ ﭘﺎﯾـﺪاري ﺳـﻠﻮلﻫﺎي‬
‫دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ در دارورﺳـﺎﻧﯽ‬ ‫ﺣـﺎوي ﺣﻼل‪ ،‬از ﻓﺮآﯾﻨـﺪ »‪) «NVT‬ﺑـﻪ ﻃﻮري ﮐﻪ‬
‫ﻫﺪ ﻓﻤﻨـﺪ ‪:‬‬ ‫دﻣـﺎ از ‪ 298‬ﺑـﻪ ‪ 398‬ﮐﻠﻮﯾـﻦ ﺑـﺎ ﻓﻮاﺻـﻞ دﻣـﺎﯾﯽ ‪9‬‬
‫ﮐﻠﻮﯾـﻨﯽ اﻓﺰاﯾـﺶ ﻣﯽﯾﺎﺑﺪ(‪ ،‬اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه و زﻣﺎن‬
‫ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزيﻫﺎي دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬ﺑـﻪ ﻋﻨـﻮان‬ ‫ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي ﻫـﺮ ﻣﺮﺣﻠـﻪ ‪ 200‬ﭘﯿﮑﻮﺛﺎﻧﯿـﻪ ﺑـﻮده‪ .‬در‬
‫ﯾﮑﯽ از اﺑﺰارﻫﺎي ﻗﺪرﺗﻤﻨﺪ ﺑﺮاي ﻣﻄﺎﻟﻌﻪ و ﻃﺮاﺣﯽ‬ ‫اداﻣـﻪ ﺑﯿـﺎن ﺷـﺪه ﮐـﻪ ﺑـﺮاي ﺑﺨـﺶ ﺑﺮﻫﻢﮐﻨـﺶ‬
‫ﺳﯿﺴـﺘﻢﻫﺎي دارورﺳـﺎﻧﯽ‪ 4‬ﺷـﻨﺎﺧﺘﻪ ﻣﯽﺷـﻮﻧﺪ‪ .‬اﯾﻦ‬ ‫ﺑﯿﻦﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ‪ ،‬ﻧﯿﺮوﻫـﺎي واندرواﻟـﺲ و‬
‫ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزيﻫﺎ‪ ،‬اﻣـﮑﺎن ﺗﺤﻠﯿـﻞ ﺑﺮﻫﻢﮐﻨﺶﻫـﺎ‬ ‫اﻟﮑﺘﺮواﺳـﺘﺎﺗﯿﮏ ﺑـﺮرﺳﯽ ﺷـﺪه ﮐـﻪ ﺑـﻪ ﺗﺮﺗﯿـﺐ‬
‫از ﻣﻌﺎدﻟـﻪ ﻟﻨـﺎرد ‪ -‬ﺟﻮﻧـﺰ و ﻧﯿﺮوﻫـﺎي ﮐﻮﻟﻮﻣـﺒﯽ‬
‫را در ﺳـﻄﺢ ﻣﻮﻟﮑـﻮﻟﯽ و ﺑـﺎ دﻗـﺖ ﺑـﺎﻻ ﻓﺮاﻫـﻢ‬ ‫اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه اﺳـﺖ‪ .‬در ﻣـﻮرد ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎي‬
‫ﺣﻼل‪ ،‬از ﻧﺴـﺨﮥ ﻫﻤـﮥ اﺗﻢﻫـﺎ ِي ﻣﯿـﺪا ِن ﻧﯿـﺮو ِي‬
‫ﻣﯽﮐﻨﻨـﺪ و ﻣﯽﺗﻮاﻧﻨـﺪ ﺳـﻮاﻻﺗﯽ را ﭘﺎﺳـﺦ دﻫﻨـﺪ‬ ‫»‪ «OPLS‬ﺑـﺮاي ﻫﺮ دو ﺑﺨـﺶ ﻧﯿﺮوﻫﺎي ﭘﯿﻮﻧﺪي و‬
‫ﮐـﻪ در آزﻣﺎﯾﺶﻫـﺎي ﺗﺠـﺮﺑﯽ ﻗﺎﺑـﻞ ﭘﺎﺳـﺦﮔﻮﯾﯽ‬ ‫ﻏﯿﺮﭘﯿﻮﻧـﺪي اﺳـﺘﻔﺎده ﺷـﺪه اﺳـﺖ‪ .‬ﺑـﺮاي ﻣﻮﻟﮑﻮل‬
‫ﻧﯿﺴـﺘﻨﺪ‪ .‬در زﻣﯿﻨـﻪ دارورﺳـﺎﻧﯽ‪ ،‬ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزيﻫﺎي‬ ‫ﮐﺮﺑـﻦ دياﮐﺴﯿـﺪ‪ ،‬از ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي ﺳـﻪ ﺳـﺎﯾﺘﻪ‬
‫دﯾﻨﺎﻣﯿـﮏ ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ‪ ،‬ﺑﻪ ﻣﺤﻘﻘـﺎن ﮐﻤﮏ ﻣﯽﮐﻨﻨﺪ‬
‫ﺗـﺎ رﻓﺘـﺎر داروﻫـﺎ و ﺳﯿﺴـﺘﻢﻫﺎي دارورﺳـﺎﻧﯽ‬

‫‪Lorentz - Berthelot mixing rules .3 Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator .1‬‬

‫‪Drug delivery systems .4‬‬ ‫‪Deep eutectic solvent .2‬‬

‫‪20‬‬