Page 17 - 3rd Orbital Journal
P. 17

‫آزﻣﺎﯾـــــــﺸﮕﺎه ﻣــــــﺪرن درون ﮐﺎﻣﭙﯿﻮﺗـــــﺮ ﺷـــــﻤﺎ‬

‫‪ :6CHARMM‬ﺣـﺮﮐﺎت ﻣﺆﺛـﺮ را ﻟﺤـﺎظ ﻧﮑﺮده‪،‬‬                 ‫ﭼـﻮن ﻃـﻮل ﭘﯿﻮﻧـﺪ ﺗﻐﯿﯿـﺮ ﮐـﺮده ﭘـﺲ زاوﯾـﻪ ﻫـﻢ‬
‫ﺑـﻪ ﻫﻤﯿـﻦ دﻟﯿـﻞ ﺳـﺮﻋﺖ ﺑـﺎﻻﯾﯽ دارد و ﻣﻨﺎﺳـﺐ‬                                        ‫ﺗﻐﯿﯿـﺮ ﻣﯽﮐﻨـﺪ‪.‬‬

                ‫ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎي زﯾﺴـﺘﯽ اﺳـﺖ‪.‬‬               ‫ﻧﺤـﻮه ﺑـﺮرﺳﯽ اﺗﻢﻫـﺎ در ﻣﯿـﺪان‬
‫‪ :7UFF‬ﻣﯿـﺪاﻧﯽ ﮐـﻪ ﺗﻮاﻧـﺎﯾﯽ ﺑـﺮرﺳﯽ ﺗﻤـﺎم اﺗﻢﻫﺎ‬                                        ‫ﻧﯿـﺮو‪:‬‬
‫را دارد‪ ،‬اﻣـﺎ ﺿﻌﯿـﻒ اﺳـﺖ و دﻗﺖ ﭘﺎﯾﯿـﻨﯽ دارد و‬
‫ﻓﻘـﻂ ﻧﯿﺮوﻫـﺎي واندرواﻟﺲ را ﺑـﺮرﺳﯽ ﻣﯽﮐﻨﺪ‪.‬‬                                        ‫‪ .1‬ﻫﻤﻪ اﺗﻢﻫﺎ‪:1‬‬
‫‪ :8GROMOS‬ﺗﻮاﻧـﺎﯾﯽ ﺑـﺮرﺳﯽ ﭘﺎراﻣﺘﺮﻫـﺎي‬                  ‫ﻫﻤـﻪ اﺗﻢﻫـﺎ را در ﻣﺤﺎﺳـﺒﻪ ﭘﺘﺎﻧﺴﯿـﻞ‪ ،‬ﺑﻪﻃـﻮر‬
‫ﺗﺮﻣﻮدﯾﻨﺎﻣﯿـﮑﯽ ﻣﺜـﻞ اﻧﺮژي آزاد ﮔﯿﺒـﺲ را دارد‪.‬‬
‫‪ :9REAXFF‬ﺑـﺮﺧﻼف ﺑﻘﯿـﻪ ﻣﯿﺪانﻫـﺎ ﮐـﻪ ﻓﻘـﻂ‬                               ‫ﺟﺪاﮔﺎﻧـﻪ ﻟﺤـﺎظ ﻣﯽﮐﻨﯿـﻢ‪.‬‬
‫ﺑﺮﻫﻤﮑﻨﺶﻫـﺎ را ﺑـﺮرﺳﯽ ﻣﯽﮐﻨﻨـﺪ‪ ،‬اﯾـﻦ ﻣﯿـﺪان‬                                   ‫‪ .2‬اﺗﻢﻫﺎي ﻣﺘﺤﺪ‪:2‬‬

         ‫ﺗﻮاﻧـﺎﯾﯽ ﺑـﺮرﺳﯽ واﮐﻨﺶﻫـﺎ را دارد‪.‬‬            ‫اﺗﻢﻫـﺎﯾﯽ ﮐـﻪ از ﻟﺤـﺎظ ﺟﺎﯾـﮕﺎه ﻣﺜـﻞ ﯾﮑﺪﯾﮕـﺮ‬
‫‪ :10COMPASS‬اﯾـﻦ ﻣﯿـﺪان ﻧﺴـﺨﻪاي ﺑـﺮاي‬                  ‫ﻫﺴـﺘﻨﺪ را ﻣﺜـﻞ ﯾـﮏ ﮔـﺮوه در ﻧﻈـﺮ ﻣﯽﮔﯿﺮﯾـﻢ‪.‬‬

            ‫ﺑـﺮرﺳﯽ ﮔﺮوهﻫـﺎي ﻣﺸـﺎﺑﻪ دارد‪.‬‬                                  ‫‪ .3‬ﮔﺮوهﻫﺎي ﻣﺸﺎﺑﻪ‪:3‬‬
                                                      ‫اﮔﺮ ﻣﻮﻟﮑﻮﻟﯽ دو ﮔﺮوه ﺷـﺒﯿﻪ ﯾﮑﺪﯾﮕﺮ داﺷـﺖ ﻫﺮ‬
‫ﺑـﺮاي ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي در ﻣﺤﯿـﻂ آﺑﯽ ﺑﺨﺎﻃـﺮ ﺷـﺮاﯾﻂ‬            ‫ﮔـﺮوه را ﻣﺜـﻞ ﯾﮏ واﺣﺪ ﻣﺠﺰا در ﻧﻈﺮ ﻣﯽﮔﯿﺮﯾﻢ‪.‬‬
‫وﯾـﮋهاي ﮐـﻪ دارد‪ ،‬ﻣﯿﺪانﻫﺎي ﻧﯿـﺮوي ﻣﺨﺼﻮص‬
‫ﺑﻪﺧـﻮد را دارد ﮐـﻪ ﺑـﻪ ﺳـﻪ ﺑﺨـ ِﺶ ﺳـﻪ‪ ،‬ﭼﻬـﺎر و‬          ‫اﺳﺎﻣﯽ و ﺗﻮﺻﯿﻒ ﭼﻨﺪ ﻣﯿﺪان ﻧﯿﺮو‪:‬‬
‫ﭘﻨـﺞ ﺳـﺎﯾﺘﻪ دﺳـﺘﻪﺑﻨﺪي ﻣﯽﺷـﻮد‪ .‬ﺳـﻪ ﺳـﺎﯾﺘﻪ ﻓﻘﻂ‬
‫ﺳـﻪ اﺗـﻢ آب را ﺑـﺮرﺳﯽ ﻣﯽﮐﻨـﺪ‪ ،‬در ﺷﺒﯿﻪﺳـﺎزي‬            ‫‪ :4OPLS‬ﺑـﺮاي ﺑـﺮرﺳﯽ ﺧـﻮاص ﻣﺎﯾﻌـﺎت و‬
‫ﭼﻬـﺎر ﺳـﺎﯾﺘﻪ ﯾـﮏ اﺗـﻢ ﺑﻪ اﮐﺴﯿـﮋن ﻣﺘﺼﻞ اﺳـﺖ‪.‬‬           ‫ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫـﺎي زﯾﺴـﺘﯽ ﺑﺴﯿـﺎر ﻣﻨﺎﺳـﺐ اﺳـﺖ‪.‬‬
‫در ﭘﻨـﺞ ﺳـﺎﯾﺘﻪ ﻧﯿـﺰ دو اﺗـﻢ ﺑـﻪ آب ﻣﺘﺼـﻞ اﺳـﺖ‪.‬‬        ‫‪ :5AMBER‬ﻣﻨﺎﺳـﺐ ﺑﺮرﺳﯽ ﭘﯿﻮﻧـﺪ ﻫﯿﺪروژﻧﯽ و‬
‫ﺣـﺎل اﮔـﺮ ﺷـﺮاﯾﻄﯽ را ﺷـﺒﯿﻪ آزﻣﺎﯾﺸـﮕﺎه ﻣﺤﯿـﺎ‬
                                                                       ‫ﻣﻮﻟﮑﻮلﻫﺎي زﯾﺴـﺘﯽ اﺳـﺖ‪.‬‬

               ‫‪Groningen Molecular Simulation .8‬‬                                                      ‫‪All atoms .1‬‬
                             ‫‪Reactive Force Field .9‬‬                                             ‫‪United atoms .2‬‬

    ‫‪Condensed-phase Optimized Molecular .10‬‬                                                         ‫‪Cross green .3‬‬
    ‫‪Potentials for Atomistic Simulation Studies‬‬             ‫‪Optimized Potentials for Liquid Simulations .4‬‬
                                                      ‫‪Assisted Model Building with Energy Refinement .5‬‬
                                                      ‫‪Chemistry at Harvard Macromolecular Mechanics .6‬‬

                                                                                        ‫‪Universal Force Field .7‬‬

‫‪17‬‬
   12   13   14   15   16   17   18   19   20   21   22