Page 25 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT
P. 25
Alur utama B-DNA diberi label pada Gambar 12a. Istilah 'alur utama' (Major groove) dan 'alur kecil' (Minor groove) didasarkan pada dua alur struktur Watson- Crick B-DNA. Meskipun dimensi alur mayor dan minor berbeda untuk tiga famili heliks yang berbeda, dari sudut pandang basa, alur mayor selalu pada sisi yang sama untuk pasangan basa tertentu. Perhatikan bahwa gula (Gambar 12a) lebih dekat ke satu sisi pasangan basa daripada yang lain. Ada lebih sedikit ruang di sisi antara gula (sisi bawah pasangan basa pada Gambar 14). Konvensinya adalah bahwa sisi yang paling dekat dengan gula disebut sisi alur minor.
Gambar 14 Sifat basa DNA
Untuk heliks B-DNA, ikatan protein di alur utama biasanya mengikat urutan yang spesifik, sering kali melalui penyisipan ∝ heliks ke dalam alur utama. Selain itu, alur utama B-DNA kira-kira memiliki lebar yang cukup untuk menampung pasangan basa ketiga (biasanya pirimidin), seperti yang terjadi pada struktur DNA tripleks tertentu. Protein yang mengikat DNA secara nonspesifik (seperti protein kromatin) sering kali akan mengikat DNA pada protein alur kecil, melalui interaksi dengan untai protein b. Selain itu, molekul air dan ion kecil mengikat dan menstabilkan alur minor. Pada A-DNA, alur kecil berukuran hampir sama dengan alur utama, sedangkan pada Z-DNA, alur minor dalam dan sempit, dan alur mayor hampir tidak ada.
18
