Page 28 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

Seperti yang diharapkan, heliks A-DNA menjadi kurang stabil daripada konformasi heliks B-DNA. A-DNA juga lebih kaku dari B-DNA, karena penumpukan basa yang tidak berada di tengah membuat mereka kurang fleksibel. Ada sekitar 11 bp per putaran untuk A DNA, dibandingkan dengan sekitar 10 bp per putaran untuk bentuk-B. Akhirnya, kemiringan pasangan basa lebih tinggi pada A-DNA daripada di BDNA. Heliks A adalah bentuk umum untuk DNA-RNA hibrida, serta RNA untai ganda; ini karena gugus OH ekstra pada gula ribosa, yang tidak dapat dengan mudah masuk ke dalam ruang sempit yang disediakan untuk itu di B-DNA.
b. Struktur B-DNA
B-DNA adalah bentuk Watson-Crick dari heliks ganda yang kebanyakan orang kenal (Gambar 16). Itu pertama kali diidentifikasi dalam serat pada kelembaban relatif 92%. Beberapa sekuens yang mengkristal hingga resolusi tinggi telah ditemukan mengadopsi konformasi B-DNA. Meskipun rata-rata konformasi B-DNA sama dalam kristal seperti dalam larutan, struktur lokal sangat bergantung pada urutan lokalnya. Tabel 1 mencantumkan beberapa parameter struktural yang berbeda untuk B-DNA sebagai fungsi dari urutan dinukleotida. Tabel juga menunjukkan parameter rata-rata, yang sangat dekat dengan nilai yang diperoleh dalam studi difraksi serat. Dari tiga keluarga heliks DNA, B-DNA adalah yang paling umum, dan juga yang paling bervariasi dalam struktur.
2) Struktur Heliks-Z kiri
Salah satu urutan DNA pertama yang dikristalisasi adalah oligomer d(GCGCGC), seperti yang ditunjukkan pada Gambar 16. Yang mengejutkan banyak orang, struktur ini adalah heliks kidal, berlawanan dengan heliks Watson-Crick tradisional. Tulang punggungnya tidak berbentuk heliks halus, tetapi tidak beraturan dan berbentuk zigzag, seperti namanya. Pada saat itu, struktur ini cukup kontroversial, tetapi sekarang diterima secara umum bahwa sekuens DNA tertentu (khususnya saluran purin-pirimidin yang berselang-seling) dapat membentuk Z-DNA kiri, sementara sebagian besar sekuens lainnya akan segera membentuk heliks tangan kanan. Heliks- Z lebih sempit daripada konformasi A-dan B, dan memiliki 12 bp per putaran. Basa
21