Page 30 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

5) Fungsi Biologi B-DNA
Seperti disebutkan di atas, struktur B-DNA sangat bergantung pada urutannya. Dengan demikian, beberapa sekuens yang dapat membuka dengan mudah (misalnya TATA) dapat ditempatkan secara strategis untuk membuka heliks DNA untuk inisiasi transkripsi. Urutan lain yang lebih kaku (atau fleksibel) dapat berfungsi sebagai tempat pengikatan protein dan pembentukan kompleks spesifik. Pada bakteri dan juga eukariota, sekuens di bagian hulu tempat awal transkripsi mengandung daerah yang lebih kaku dan akan lebih mudah membuka. Selain tiga konformasi heliks DNA yang berbeda, ada banyak struktur DNA lain, seperti kelengkungan DNA, DNA untai tiga, DNA tetrapleks dan DNA untai paralel, yang dapat dibentuk dalam berbagai kondisi.
Apakah urutan DNA akan berada dalam konformasi A, B-atau Z-DNA tergantung pada setidaknya tiga kondisi. Kondisi pertama adalah lingkungan ionik atau hidrasi, yang dapat memfasilitasi konversi antara bentuk heliks yang berbeda. A-DNA disukai oleh hidrasi rendah, sedangkan Z-DNA dapat disukai oleh garam tinggi. Kondisi kedua adalah urutan DNA: A-DNA disukai oleh rentang tertentu dari purin (atau pirimidin), sedangkan Z-DNA dapat paling mudah dibentuk oleh purin-pirimidin bergantian. Kondisi ketiga adalah adanya protein yang dapat mengikat DNA dalam satu konformasi heliks dan memaksa DNA untuk mengadopsi konformasi yang berbeda, seperti protein yang mengikat B-DNA dan dapat mendorongnya ke bentuk A atau Z. Dalam sel hidup, sebagian besar DNA berada dalam campuran konformasi A-DNA dan B-DNA, dengan beberapa daerah kecil yang mampu membentuk Z-DNA.
6) Struktur Palindrom
Variasi struktural lain yang bergantung pada urutan yang ditemukan pada kromosom yang lebih besar dapat mempengaruhi fungsi dan metabolisme segmen DNA di sekitar mereka. Misalnya, belokan yang terjadi pada heliks DNA di mana empat atau lebih residu adenosin muncul secara berurutan dalam satu untai. Enam adenosin berturut-turut menghasilkan lekukan sekitar 180. Pembengkokan yang diamati dengan urutan ini dan urutan lainnya mungkin penting dalam pengikatan beberapa protein ke DNA. Jenis urutan DNA yang agak umum adalah palindrome.
23