Page 133 - BUKU AJAR BIOKIMIA 1 K5FN
P. 133
Gambar 75 Peptida
Dari gambar di atas dapat dijelaskan bahwa:
• Rotasi di sekitar ikatan yang terhubung ke karbon alfa diizinkan
• φ (phi): sudut di sekitar karbon - nitrogen amida
• Ψ (psi): sudut di sekitar karbon - karbon karbonil
• Dalam polipeptida yang panjang, baik Ψ maupun φ adalah 180 °
• Bidang peptida kaku dan rotasi bebas sebagian
• Rotasi di sekitar ikatan peptida tidak diizinkan
Distribusi Sudut Dihedral φ dan Ψ
• Beberapa kombinasi φ dan Ψ sangat tidak menguntungkan karena crowding
sterik atom tulang punggung dengan atom lain di rantai samping.
• Beberapa kombinasi φ dan Ψ lebih disukai karena kesempatan untuk membentuk
interaksi ikatan-H yang menguntungkan di sepanjang tulang punggung.
• Plot Ramachandran menunjukkan distribusi φ dan Ψ sudut dihedral yang
ditemukan dalam protein.
• Menunjukkan elemen struktur sekunder yang umum.
Pada tahun 1940 Linus Pauling dan Robert Corey mengemukakan hasil penelitiannya bahwa pola difraksi sinar X dari kristal asam amino dipeptida dan tripeptide sederhana menyimpulkan struktur yang tepat dari ikatan peptida yang terbentuk. Mereka menemukan bahwa ikatan C-N yang menggabungkan dua asam amino pada ikatan peptida lebih pendek dari kebanyakan ikatan C-N lain, seperti sifat iakatan ganda, dan karenanya tidak dapat berotasi secara bebas. Selanjutnya mereka menemukan bahwa keempat atom gugus peptide terletak pada satu bidang, sehingga atom oksigen dari gugus karbonil dan atom hydrogen dari gugus -NH-
130
