Page 159 - BUKU AJAR BIOKIMIA 1 K5FN

i. Elektroforesis dua dimensi (2-DE atau elektroforesis 2-D)
Elektroforesis dua dimensi adalah suatu teknik analisis proteindengan melakukan pemisahan protein menggunakan dua dimensi. Teknik ini sering digunakan untuk studi proteomika (analisis molekular terhadap keseluruhan protein yang dihasilkan dari ekspresi gen dalam sel), deteksi marker penyakit, penelitian kanker dan obat, pemeriksaan kemurnian, dan juga purifikasi (pemurnian) protein skala mikro. Hal ini dikarenakan, elektroforesis 2-D mampu memisahkan hingga ribuan protein secara bersamaan.
Dalam elektroforesis 2-D, dimensi pertama dalam pemisahan protein dilakukan berdasarkan titik isoelektrik protein tersebut. Sedangkan, pada dimensi kedua, protein akan dipisahkan berdasarkan berat molekulernya. Pemisahan protein dengan teknik ini dilakukan dalam kondisi terdenaturasi. Pada dimensi pertama, protein yang akan dianalisis dilarutkan dalam urea untuk memutuskan ikatan hydrogen pada protein (agen pendenaturasi). Urea umum digunakan karena senyawa ini tidak mengubah dalam muatan protein sehingga pemisahan protein dapat dilakukan berdasarkan muatannya. Dengan menggunakan medan listrik protein dipisahkan melalui gel yang memiliki gradien pH. Protein akan bergerak hingga berhenti pada titik (pH) dimana muatan protein tersebut netral (titik isoelektriknya).
Setelah melalui dimensi pertama, protein dipisahkan kembali melalui dimensi kedua. Biasanya tahap ini dilakukan dengan gel poliakrilamida dan sodium dodesil sulfat (SDS). SDS akan membuat seluruh protein bermuatan negatif sehingga pemisahan bisa dilakukan hanya berdasarkan bobot molekulernya. Teknik elektroforesis 2-D yang sering digunakan adalah: untuk dimensi pertama dapat menggunakan elektroforesis pemfokusan isoelektrik (isoelectric focusing, IEF) dan nonequilibrium pH gradient electrophoresis (NEPHGE). Sedangkan untuk dimensi kedua, biasanya digunakan elektroforesis gel poliakrilamida SDS (SDS- PAGE).
156