Page 406 - BUKU AJAR BIOKIMIA 1 K5FN

umum digunakan adalah karbonat pada pH tinggi. Protein amphitropic ditemukan baik di sitosol dan dalam hubungan dengan membran. Afinitasnya terhadap membran menghasilkan beberapa kasus dari interaksi nonkovalen protein dengan protein membran atau lipid, dan dalam kasus lain dari adanya satu atau lebih lipid yang terikat secara kovalen dengan protein amfitropik. Umumnya, asosiasi reversibel protein amfitropik dengan membran diatur; misalnya, fosforilasi atau pengikatan ligan dapat memaksa perubahan konformasi pada protein, memperlihatkan situs pengikatan membran yang sebelumnya tidak dapat diakses.
Banyak Protein Membran Menjangkau Lipid Bilayer, topologi protein membran (lokalisasi domain protein relatif terhadap bilayer lipid) dapat ditentukan dengan reagen yang bereaksi dengan rantai samping protein tetapi tidak dapat melintasi membran reagen kimia polar yang bereaksi dengan amina primer residu Lys, misalnya, enzim seperti tripsin yang memutuskan protein tetapi tidak dapat melewati membran. Eritrosit manusia cocok untuk studi semacam itu karena tidak memiliki organel yang dibatasi membran; membran plasma adalah satu-satunya membran yang ada. Jika protein membran dalam eritrosit utuh bereaksi dengan reagen impermeant membran, protein tersebut harus memiliki setidaknya satu domain yang terpapar pada permukaan luar (ekstraseluler) membran. Tripsin memutuskan domain ekstraseluler tetapi tidak mempengaruhi domain yang terkubur di dalam bilayer atau hanya terpapar pada permukaan bagian dalam, kecuali membran plasma dipecah untuk membuat domain ini diakses oleh enzim.
Eksperimen dengan reagen spesifik topologi tersebut menunjukkan bahwa glikoforin glikoprotein eritrosit menjangkau membran plasma. Domain terminal aminonya (membawa rantai karbohidrat) berada di permukaan luar dan dipotong oleh tripsin. Ujung karboksil menonjol di bagian dalam sel, di mana ia tidak dapat bereaksi dengan reagen impermean. Baik domain terminal amino dan terminal karboksil mengandung banyak residu asam amino polar atau bermuatan dan karenanya bersifat hidrofilik. Namun, segmen di tengah protein (residu 75 hingga 93) terutama mengandung residu asam amino hidrofobik, menunjukkan bahwa glikoforin memiliki segmen transmembrane yang diatur.
403