Page 169 - BUKU AJAR ASAM NUKLEAT

Gambar 103 Menumbuhkan Bakteri pada media cair Sumber: https://youtu.be/RaTaNQugAuE
2) Persiapan DNA Plasmid
Pemurnian plasmid dari kultur bakteri melibatkan strategi umum yang sama seperti preparasi DNA sel total. Kultur sel, yang mengandung plasmid, ditumbuhkan dalam medium cair, dipanen, dan ekstrak sel disiapkan. Protein dan RNA dihilangkan, dan DNA mungkin terkonsentrasi oleh pengendapan etanol. Namun, ada perbedaan penting antara pemurnian plasmid dan persiapan DNA sel total. Dalam preparasi plasmid selalu perlu untuk memisahkan DNA plasmid dari sejumlah besar DNA kromosom bakteri yang juga ada di dalam sel. Memisahkan kedua jenis DNA ini bisa sangat sulit, tetapi tetap penting jika plasmid akan digunakan sebagai vektor kloning. Kehadiran jumlah terkecil DNA bakteri yang mencemari dalam percobaan kloning gen dapat dengan mudah menyebabkan hasil yang tidak diinginkan. Untungnya beberapa metode tersedia untuk menghilangkan DNA bakteri selama pemurnian plasmid, dan penggunaan metode ini, secara individu atau kombinasi, dapat menghasilkan isolasi DNA plasmid yang sangat murni. Plasmid dan kromosom bakteri berbentuk sirkular, tetapi selama preparasi ekstrak sel, kromosom selalu dipecah untuk menghasilkan fragmen-fragmen linier. Oleh karena itu, metode untuk memisahkan molekul melingkar dari molekul linier akan menghasilkan plasmid murni.
Sentrifugasi gradien kerapatan etidium bromida-cesium klorida. Ini adalah versi khusus dari teknik kesetimbangan atau sentrifugasi gradien densitas yang lebih
162