Page 17 - BBLP ejournal2018.docx

Journal of Biotechnology in Livestock Production

การประมาณค่าพารามิเตอร์ทางพันธุกรรม

วิเคราะห์หาค่าองค์ประกอบความแปรปรวนและแปรปรวนร่วมของลักษณะที่ศึกษาจากทั้งการ

วิเคราะห์ทีละลักษณะและการวิเคราะห์ร่วมสองลักษณะพร้อมกัน เพื่อน าค่าที่ได้ไปใช้ประมาณ

ค่าพารามิเตอร์ทางพันธุกรรม (ค่าอัตราพันธุกรรม ค่าอัตราซ ้า ค่าอัตราการมีส่วนร่วมของฝูงค่าสหสัมพันธ์
ทางพันธุกรรม และค่าสหสัมพันธ์ทางลักษณะปรากฏด้วยวิธี Restricted Maximum Likelihood, REML

โดยใช้ Average Information (AIalgorithm จากโปรแกรมส าเร็จรูป AIREMLF90) และ Bayesian analysis

via Gibbs sampling จากโปรแกรมส าเร็จรูป THRGIBBS1F90 (Tsuruta and Misztal, 2006) ส าหรับ

การวิเคราะห์ด้วย AIREMLF90 ใช้เกณฑ์พิจารณาส าหรับการค านวณสิ้นสุดเมื่อค่าความแปรปรวนที่ได้

-12
แต่ละซ ้าต่างกันน้อยกว่า 10 และจะเริ่มการวิเคราะห์อีกครั้งโดยการใช้ผลครั้งที่ผ่านมาเพื่อที่จะให้ได้
ความน่าจะเป็นสูงสุดที่แท้จริง ส่วนการวิเคราะห์ด้วย THRGIBBS1F90 ข้อก าหนดส าคัญมีดังนี้ วิเคราะห์

Gibbs sample โดยใช้ Single chain จ านวน 250,000 รอบ และก าหนดให้ 50,000 รอบแรกเป็นส่วนของ

burn-in ค่า convergence ของแต่ละค่าความแปรปรวนจะพิจารณาจากค่า Effective sample size รวมทั้ง

จากรูปกราฟที่ได้จากการท า Plotting Gibbs samples ที่ Thinning interval ก าหนดไว้ที่ 20
2
ค่าอัตราพันธุกรรม (Heritability,h ) =
2
σ a
σ p 2
2
σ
ค่าอัตราการมีส่วนร่วมของฝูง (Herd contribution, c ) =
2
hy
σ p 2
2 2
ค่าอัตราซ ้า (Repeatability, t ) = σ a +σ pe
2
σ p
ค่าสหสัมพันธ์ทางพันธุกรรม (Genetic correlation, r g(xy) )= σ g(xy)
√σ 2 g(x) ∗ σ 2 g(y)
ค่าสหสัมพันธ์ของลักษณะปรากฏ (Phenotypic correlation, r p(xy) )= σ p(xy)
√σ 2 p(x) ∗ σ 2 p(y)
เมื่อ σ = ความแปรปรวนเนื่องจากพันธุกรรมแบบบวกสะสม
2
a
σ = ความแปรปรวนเนื่องจากจากสภาพแวดล้อมถาวร
2
pe
σ = ความแปรปรวนเนื่องจากฝูง-ปี เมื่อได้รับการผสมเทียมครั้งแรก หรือการคลอด
2
hy
σ = ความแปรปรวนเนื่องจากลักษณะปรากฏทั้งหมด
2
p
σ p(xy) = ความแปรปรวนร่วมของลักษณะปรากฏระหว่างลักษณะ X และ Y
σ g(xy) =ความแปรปรวนร่วมทางพันธุกรรมระหว่างลักษณะ X และ Y

σ 2 = ความแปรปรวนทั้งหมดของลักษณะ X
p(x)
σ 2 = ความแปรปรวนทั้งหมดของลักษณะ Y
p(y)
σ 2 = ความแปรปรวนทางพันธุกรรมของลักษณะ X
g(x)
σ 2 = ความแปรปรวนทางพันธุกรรมของลักษณะ Y
g(y)

7