Page 23 - ISI BUKU SAKU DIGITAL WADDAH
P. 23
menentukan identitas maupun fungsi gen atau fragmen DNA lainnya dengan cara
membandingkan sekuens-nya dengan sekuens DNA lain yang sudah diketahui.
4. METODE SEKUENSING
1. Metode Maxam Gilbert
Metode sekuensing Maxam-Gilbert merupakan metode sekuensing DNA pertama
yang memanfaatkan bahan kimia untuk separasi dan penandaan urutan basa. Metode ini
memanfaatkan fosfat radioaktif untuk melabeli ujung 3’ DNA yang akan disekuensing.
Fragmen DNA berlabel di ujung 3’ dikenai pembelahan acak pada posisi adenin, timin,
guanin, dan sitosin dengan memanfaatkan agen kimia tertentu. Reaksi kimia terhadap
komponen basa didasari oleh tiga komponen kunci, yakni modifikasi basa, penghilangan
basa yang telah dimodifikasi dari gula, dan pemutusan strand DNA pada posisi gulanya.
2. Teknik Medode Sanger
Metode sanger menggunaan berbagai komponen yaitu DNA utas tunggal dalam
sebagai template DNA, primer yang sesuai (sepotong kecil DNA yang berpasangan
dengan template DNA yang berfungsi sebagai starting point untuk replikasi, DNA
polymerase (enzim yang mengkopi DNA selanjutnya menambahkan nukleotida baru ke
ujung 3 dari template), nukeotida normal dan dideoxynucleotide yang dilabel (radioaktif
atau dengan pewarna fluorescent Tahapan metode sekuensing Sanger yang pertama
adalah menyediakan dsDNA (double strand DNA), dsDNA (double strand DNA)
dipotong menjadi ssDNA (single strand DNA), ssDNA hasil potongan dari dsDNA
sebelumya dijadikan sebagai template (cetakan) DNA.
3. Next Generation Sequencing (NGS)
generation sequencing (NGS) Adalah Generasi kedua dari teknologi sekuensing.
Istilah NGS secara kolektif digunakan untuk mendeskripsikan semua teknologi
sekuensing selain teknologi sekuensing Sanger. Teknologi NGS membaca templat DNA
secara acak (random) sepanjang seluruh genom dengan membuat potongan-potongan
pendek DNA genom, kemudian menyambungkannya dengan adapter (potongan DNA
pendek yang didesain khusus untuk tujuan ini) agar dapat dibaca oleh mesin NGS secara
random selama proses sintesis DNA. Dengan demikian, teknologi NGS sering disebut
