Page 123 - 5f871381b4cd9c6426e115cd17c3ac43
P. 123
Keanekaragaman Jenis | 99
dan tumbuhan. Bakteri marga Lactobacillus meliputi untuk setiap tipe ekosistem yang
banyak dijumpai pada makanan fermentasi ada di Indonesia. Teknik metagenomik
khas Indonesia dan terus dikaji peranannya diperlukan untuk mengungkap keanekaraga
dalam pengembangan pangan fungsional. man mikrob pada tingkat molekuler melalui
Beberapa Actinomycetes marga Streptomyces pendekat an pustaka klon dan sekuensing
ditemukan di berbagai wilayah Indonesia me terkini (next generation sequencing). Keter
liputi Sumatra, Jawa, Kalimantan, Sulawesi, batasan kemampuan tumbuh mikrob pada
Nusa Tenggara, dan Papua. Actinomycetes ini kondisi laboratorium menjadi kendala dalam
dikenal karena potensinya sebagai penghasil estimasi keanekaragaman mikrob di suatu
senyawa antimikrob. Marga Bacillus yang ekosistem secara konvensional. Pendekatan
banyak digunakan dalam industri enzim dite molekuler kemudian berkembang untuk
mukan pada habitat tanah, rizosfer, hewan, menjawab tantangan mengidentifikasi dan
sampel klinis, dan limbah (Sjamsuridzal et menghitung mikrob di lingkungan in situ.
al. 2008). Gen RNA ribosom (rRNA) banyak dipi
Mikroorganisme termasuk organisme lih menjadi target dalam phylotyping, yaitu
yang dapat ditemukan di berbagai tempat metode nonkultivasi untuk menghasilkan
(kosmopolit) termasuk di ekosistem yang sekuen dan membandingkannya dengan
ekstrem seperti mata air panas. Setiap habitat database yang telah ada dan berisikan sekuen
diperkirakan dihuni oleh mikrob yang khas sekuen gen rRNA dari berbagai jenis mikrob
dengan kemampuan adaptasi terhadap (saat ini lebih dari 200.000) (Handelsman et
lingkungan. Banyak jenis lain mikrob yang al. 2007) sehingga didapatkan kemiripan dan
diperkirakan masih belum dieksplorasi hubungan kekerabatan dengan mikrob yang
telah diketahui.
Foto: Puslit Biologi-LIPI, 2014
Gambar 65. Keanekaragaman kapang hasil isolasi di berbagai lingkungan Indonesia
