Page 23 - Тахианаас хүнсний хордлого үүсгэгч CAMPYLOBACTER SPP.-ийг илрүүлсэн судалгааны дүн

[ШИНЖЛЭХ УХААНЫ МАГИСТРЫН ЗЭРЭГ ГОРИЛСОН БҮТЭЭЛ] Арга зүй

таслан авч 1%-ийн агароз гельд гүйлгэн ДНХ олширсон эсэхийг шалгав. ПГУ-ын
бүтээгдэхүүнийг агарозын гелээс таслан авч DNA isolation kit – р (Thermo Fisher
Scientific) цэвэршүүлэв. Цэвэршүүлсэн бүтээгдэхүүнийг мөн ижил праймер (хүснэгт7)
ашиглан флюресцент өвөрмөц будагч бодисд холбогдох dideohenucleotides (ddNTPs)

агуулсан BigDye Terminator v1.1 and v3.1 cycle Sequencing Kits оношлуураар урьтал
денутараци 95 хэмд 10минут, 94 хэмд 30 секунд, 50 хэмд 30 секунд, 72 хэмд 1минут,
эцсийн уртасгалт 72 хэмд 3 минутад дахин олшруулав. Үүссэн ПГУ- ын бүтээгдэхүүн
дээр HiFI Formamid бүхий будагч бодис нэмж хөтлөгч болон дагагч праймераар салган
дээжийг 96 үүрт хавтанд хийж 7 бүхий полимер 4 хялгасан сорогч суваг болох
капиллярын (50см урттай) дагуу Applied Biosystems 3130xl Genetic Analyzer бүхий
нуклеотидуудын байршлыг тогтоогч машинаар уншуулав.

Филогенетикийн шинжилгээ
Өгөгдлийн сан доторх клонт чанарын түвшинг асоциацын индексыг (IA)
тодорхойлох замаар тооцож гаргаснаас гадна J. Maynard Smith боловсруулсан
программаар /33/ бүх ДТ-үүд, удам тус бүрийн ДТ-үүдийн төлөөллийн дэд бүрдэлд
зориулан бодож олсон юм. Тухайн комплекс дэх ДТ-үүдийн доторх хамаарлыг MILD
DISTANCE MATRIX (K.A.Jolley) программаар аллелийн буруу хослолуудын зайн
матрицыг байгуулах аргаар судлав. Локусын ялгаа бүрт ялгаатай аллелүүд хоорондоо
хамааралгүй гэж тооцон адил төстэй аргаар боловсруулалт хийв. Дараа нь зайн

матрицуудыг SPLITSTREE-ийн 3.1 хувилбарыг ашиглан Сплит декомпозицын
анализаар дүрслэн харууллаа [30,31].

23