Page 51 - MODUL Analisis Insilico Senyawa Organolsulfur BPT sebagai anti hipertensi (sistem kardiovaskular)
P. 51

berupa struktur 2D/3D senyawa, identitas senyawa, sifat kimia dan fisika senyawa,
                           literatur terkait senyawa, dll. (Link: pubchem.ncbi.nlm.nih.gov).

                        2. UniProt,  adalah  database  yang  khusus  menyimpan  informasi  tentang  protein.
                           UniProt  adalah  kolaborasi  antara  European  Bioinformatics  Institute  (EMBL-EBI),

                           SIB Swiss Institute of Bioinformatics dan Protein Information Resource (PIR). (Link:
                           uniport.org).

                        3. SWISS  Target  Prediction,  adalah  webserver  yang  digunakan  untuk  memprediksi

                           protein  target  dari  sebuah  senyawa  kimia  ketika  masuk  ke  dalam  tubuh  suatu
                           organisme. Swiss Target Prediction bekerja menggunakan struktur berupa canonical

                           SMILES,  prediksi  ini  termasuk  dalam  kategori  berbasis  ligan  untuk  menentukan

                           protein target  secara akurat (Gfeller  et  al., 2014).  Webserver  ini diluncurkan sejak
                           tahun 2014, bekerja dengan cara prediksi berdasarkan struktur dari banyak molekul

                           aktif,  beberapa  organisme  target  terdiri  atas  manusia,  tikus,  dan  mencit.  Dalam
                           memprediksi sebuah senyawa kimia query, hasil prediksi target mendekati kebenaran

                           jika  memiliki  probabilitas  pengikatan  semakin  besar  (Daina,  Michielin  and  Zoete,
                           2019). (Link: swisstargetprediction.ch)

                        4. PyMol,  adalah  software  visualisasi  molekuler  open  source  maupun  prabayar  yang

                           menampilkan  data  in  silico  dalam  tampilan  3D  yang  representative,  baik  DNA,
                           protein, dan senyawa kimia. Software ini dilengkapi beberapa plug in yaitu docking,

                           mutagenesis, dan fitur pembuatan animasi molekuler. (Link: pymol.org/2/).
                        5. PyRx, adalah software simulasi molecular docking atau penambatan molekuler yang

                           biasanya  digunakan  untuk  analisis  desain  obat  secara  in  silico  berdasarkan  nilai

                           binding  affinity  dan  jarak  interaksi  molekuler  yang  terbentuk  antara  molekul  ligan
                           dengan domain protein target, PyRx memiliki dua versi software yaitu open source

                           dan berbayar. (Link: pyrx.sourceforge.io).
                        6. SCFBio  Lipinski,  adalah  sebuah  webserver  untuk  analisis  apakah  suatu  senyawa

                           kimia layak dinyatakan sebagai bahan obat atau tidak, dengan mengacu pada aturan

                           Lipinski.  Metode  ini  juga  dapat  memprediksi  tingkat  keberhasilan  suatu  senyawa
                           kandidat  menjadi  obat,  dengan  minimal  mengikuti  2  aturan  Lipinski  dari  5  (lima)

                           Lipinski Rule. Aturan Lipinski: massa molekul kurang dari 500 Dalton, tinggi



                                                              3
   46   47   48   49   50   51   52   53   54   55   56