Page 52 - MODUL Analisis Insilico Senyawa Organolsulfur BPT sebagai anti hipertensi (sistem kardiovaskular)
P. 52
lipofilisitas atau LogP kurang dari 5, jumlah ikatan hidrogen donor dan akseptor
masing-masing kurang dari 5 dan 10, serta reaktivitas molar harus antara 40 dan130
(Lipinski, 2004). (Link: scfbioiitd.res.in/software/drugdesign/Lipinski.jsp).
7. Toxtree, adalah software untuk menilai risiko dan bahaya suatu senyawa. Toxtree
menerapkan aturan fisikokimia dan struktural untuk menganalisis sifat dan struktur
senyawa, menggunakan pendekatan tree approach untuk menetapkan kelas Cramer
(I, II, dan III). Setiap kelas memiliki ambang masalah toksikologi (TTC), paparan
manusia dalam mikrogram/hari. Membandingkan TTC senyawa dengan tingkat
paparan aktual diprediksi menunjukkan apakah tingkat risikonya dapat diterima atau
tidak. ToxTree juga memprediksi potensi iritasi kulit dan iritasi mata, mutagenisitas/
karsinogenisitas, biodegradasi, sensitisasi kulit dan karakteristik lainnya. (Link:
toxtree.sourceforge.net).
8. Protein Data Bank (PDB; http://www.rcsb.org/pdb/) merupakan database yang
memiliki lebih dari 32.500 struktur tiga dimensi dari makromolekul biologis
termasuk protein dan asam nukleat. Makromolekul pada database PDB merupakan
molekul yang ditemukan pada semua organisme termasuk manusia, bakteri, hewan
dan tanaman. Struktur yang terdapat dalam PDB mulai dari protein yang kecil dan
potongan-potongan DNA sampai molekul kompleks seperti ribosom (Fatchiyah,
2014). Molekul protein yang didapatkan dari PDB akan digunakan sebagai reseptor
dalam proses docking (Fatchiyah, 2014).
9. Lipinski Rule of Five (RO5) (scfbio-iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp)
merupakan sebuah server yang digunakan untuk memprediksi keaktifan suatu obat
atau senyawa kimia ketika diberikan secara oral pada manusia (Lesk, 2014).
Reseptor yang digunakan dalam penelitian berada dalam sel sehingga ligan harus
memiliki kemampuan untuk menembus membran sel agar dapat berikatan dengan
reseptor targetnya (Lesk, 2014). Pengecekan prinsip Lipinski’s Rule of Five akan
membantu untuk menentukan kemampuan bioavailabilitas dari ligan yang berikatan
dengan reseptornya (Lesk, 2014).
10. Uji ADMET merupakan suatu tes yang dilakukan untuk mengidentifikasi sifat
farmakokinetik dari suatu senyawa yang meliputi Absorption (penyerapan),
4