Page 133 - TOKSOPLASMOSIS-pada-Hewan

dalam akan memulai sintesis lebih dulu baru kemudian primer luar,
selanjutnya konsentrasi primer dalam harus lebih tinggi dari primer
luar.Ukuran target DNA merupakan faktor yang sangat penting
dalam efisiensi L-AMP, sebab amplifikasi akan dibatasi oleh

terpisahnya untai DNA, dan untuk mendapatkan hasil yang optimal,
ukuran target DNA berkisar antara 130 – 200 bp. Syarat lain yang
dibutuhkan untuk menjamin primer L-AMP bekerja dengan baik
sehingga memiliki sensitivitas dan spesifisitas yang tinggi diantaranya
primer L-AMP harus memiliki GC kontens 50-60%, jarak antara 5’
dari F2 dan B2 berkisar antara 120-180 bp, sedangkan jarak antara
F2 dan F3 sama dengan jarak antara B2 dan B3 antara 0-20 bp, jarak
untuk daerah pembentukan loop (5’ dari F2 sampai 3’ dari F1, 5’ dari
B2 sampai 3’ dari B1) berkisar antara 40-60 bp.

Reaksi L-AMP

Prinsip dasar dalam reaksi L-AMP merupakan rangkaian
reaksi dalam pemisahan dan penyusunan DNA (amplifikasi DNA)
o
yang berjalan pada suhu konstan antara 60-65 C selama 45-60 menit
dengan bantuan enzim Bst DNA polymerase, dNTPs, primer spesifik
dan template DNA sebagai target amplifikasi; konsentrasi masing-
masing bahan untuk reaksi L-AMP dapat dilihat pada Tabel 1.
Mekanisme amplifikasi dalam metode L-AMP terdiri dari 3 tahap

reaksi, yaitu : tahap pembentukan stuktur awal, tahap perbanyakan
(amplifikasi) dan tahap perpanjangan dan resiklik, namun secara garis
besar tahap-tahap tersebut hanya terdiri dari dua tahap reaksi, yaitu
tahap non siklik dan tahap siklik.

Tahap pembentukan struktur awal. Tahap ini juga sering
disebut dengan tahap non siklik (Gambar 2), karena tidak akan terjadi
siklus berulang, pada tahap ini hanya akan dibentuk struktur awal
yang sering disebut dengan “dumb-bell structure” dan struktur ini yang
kemudian akan diamplifikasi dalam tahap selanjutnya (tahap siklik).

124 Toksoplasmosis pada Hewan